生物技术在其他农业领域的应用除了转基因农作物、花卉之外，生物技术在以下农业领域的应用也非常具有市场前景——植物反应器：利用转基因植物或植物组织生长槽，已可生产口服用之抗病菌疫苗(如腹泻)或抗癌抗体(Anti-tumor anti-body)、动物卵蛋白，而其它多种工业或药用蛋白在植物反应器的生物合成也在研究开发中；蛋白质工程学在饲料添加物及环保工程上之应用，例如：以高效植酸分解酵素添加到畜产饲料中以防止水源污染、土壤环境中磷酸污染；DNA疫苗技术(DNA Vaccine Technology)，应用注射DNA到皮上、皮下或肌肉细胞中，而产生外来抗原蛋白质(Foreign Antigen)因而导致免疫功能，已在动物中试验抗乙型肝炎、口啼疫、PRRS及Malaria等疾病；动物克隆，如克隆羊外，已有克隆牛，多量克隆小老鼠等，可用到动物反应器、蛋白质制药及器官移植(Xenograft)上。有计算显示，只要有一头乳汁高产的转基因母牛，就应可产生足够全世界所有得血友病的病人所需用的第九因子，虽然这一设想至今还未产业化。值得我们注意的是未来非常有用的高品质转基因克隆猪，可望对许多器官移植手术提供Xenograft器官；生物技术在水产渔业中的应用、渔用生长激素转基因的应用及抗病、免疫等研究也非常具有实用价值和市场前景。生物技术在农业的发展前景从生物农业的发展前景来看，除了已经成功上市并大面积栽培的转基因作物除大豆、玉米、菜籽油、棉花、花生、向日葵、番木瓜等农作物之外，康乃馨等花卉也开始进入转基因市场。而分析主要国家和大公司的研发可以预见，未来6年间还将有紫花苜蓿、苹果、香蕉、莴苣、草莓、糖用甜菜、草皮用草、小麦等新的转基因农作物和水果进入大田种植，此外具备更多抗性和功能的转基因玉米、棉花、菜籽油等也将陆续进入大田种植。尽管目前农业生物技术的发展道路有些曲折，甚至被一些反对声音所包围，但是在未来的20年内，全球将新增20亿人口，同时可耕种土地面积逐年减少对解决人类的温饱问题提出了严峻的挑战，因此，以粮食、蛋奶、肉类等为产出品的农业面临着大发展的需求；越来越多的人开始关心饮食结构的合理性和科学性，而只有农业生物技术才能为解决上述问题的高效食品的生产提供独特的解决方案。“有机农业”将成为未来农业的模式：农业工厂化，按人类要求，高水平的控制环境因素，实现规模化、机械化、自动化生产，产生质量稳定、供应稳定、价格稳定、营养丰富的农业产品；安全的转基因动、植物投放市场；具有营养保健、医疗功效的猪牛羊、蔬菜水果等转基因食品大批走向餐桌；目标物明确、毒性小、易被环境降解，施用后不易产生抗药性的生物农药，也将成为农药的主流。随着农业生物技术的发展，农作物还有可能逐渐取代石油成为获得从燃料到塑料的所有物质的能源；而通过科学手段，使地里的秸秆和柴草转化为洁净的燃料，也是正在展开的科技工作。农业生物技术被认为是未来生物经济时代(bio-based economy)的核心。