分子网络功能注释系统

qingqing2011

分子网络功能注释系统

BioKnow-MolNet

一、产品概述
您在生物分子功能注释中遇到过这样的情况吗？

l  为了对一个基因进行全面的注释，需要到不同的数据库中去各个查询…

l  同一生物分子在不同的数据库中都有各自的ID标示，ID不通用…

l  很多公开的生物资源数据库不支持批量的注释…

l  在线的系统服务过忙，等待时间比较长…

生物分子网络功能注释系统(Molecule Network Annotation System，MolNet)是一个对高通量生物实验数据提供全面生物学功能注释的分析平台系统。系统可处理多个物种的高通量实验数据，如测序数据、探针数据、药物数据、疾病数据，具有全面、快速、准确、直观等特点。将目前多种生物信息学公共数据库中的注释相关信息相整合，集成了Genbank、SwissProt等通用序列数据库，以及Gene Ontology、KEGG、BioCarta、mirBase、EPD、HPRD、 MIND、OMIM、HAPMAP、DrugBank等功能数据库，提供包括基因、蛋白、功能、表达、蛋白相互作用、调控等生物学信息，有助于用户了解表达基因之间的相互关系。

二、应用范围
大规模实验数据的生物学注释；

各类生物分子的关联功能统计分析；

知名生物学数据库的整合查询；

三、产品功能
3.1支持多种数据库

²  可靠的注释信息数据解释

系统整合多种生物学通用数据库，其中，KEGG、Biocarta数据库被公认为是当前收集pathway信息最全面，注释质量最高的数据库；Gene Ontology数据库对基因的功能分类及基因间关系进行标准化定义，注释信息质量可靠；mirBase数据库为收集miRNA信息最完整的数据库；EPD数据库为当前收集真核启动子数据的权威数据库；TRANSFAC数据库为收集高质量的转录因子信息的数据库之一。

²  同时整合及挖掘各个数据库的注释信息

对用户提交的查询数据，可同时提供全方位的生物学功能注释，包括基因、蛋白、功能、表达、调控、信号传导、启动子、转录因子、SNP及基因变异可能导致的疾病等生物学信息，有助于用户深入挖掘和理解实验数据的生物学意义。

 

表 整合数据库列表

序号	数据库名称	数据库介绍
1	GeneBank	NCBI下的核酸序列数据库
2	EMBL	EBI下的核酸序列数据库
3	Swiss-Prot	蛋白质序列数据库
4	KEGG Pathway	Pathway数据库
5	Biocarta	Pathway数据库
6	HPRD	人类蛋白相关数据库
7	MINT	蛋白互作数据库
8	IntAct	蛋白互作数据库
9	GeneOntology	基因功能数据库
10	miRBase	miRNA相关数据库
11	Bind	蛋白互作数据库
12	SNP	NCBI下的SNP数据库
13	HapMap	SNP相关数据库
14	TRANSFAC	转录因子数据库
15	OMIM	疾病相关数据库
16	NCI	肿瘤相关数据库
17	DrugBank	药物相关数据库
18	pharmGKB	基于知识的基因-疾病-药物-pathway数据库

 

3.2整合的常见模式生物

支持多个物种生物信息查询

现已收录人、大鼠、小鼠、拟南芥、玉米、水稻、果蝇和酵母等物种信息，拟增添线虫信息，信息来源于HUGO、MGI、RGD等物种专业数据库，范围涵盖大多数生物科学研究物种。

表 包括的常见模式生物

NCBI物种	中文名称	TAXID
Arabidopsis thaliana	拟南芥	3702
Caenorhabditis elegans	线虫	6239
Drosophila melanogaster	果蝇	7227
Homo sapiens	人类	9606
Mus musculus	小鼠	10090
Oryza sativa	水稻	39947
Rattus norvegicus	大鼠	10116
Schizosaccharomyces pombe	啤酒 酵母	4896
Saccharomyces cerevisiae	酵母（裂殖酵母）	4932

3.3 分析结果

系统提供多种直观的图形方式来反映生物学信息，支持GO统计图、Pathway基因定位图、Pathway差异表达动态图、组织特异性表达图、SNP在基因上的分布图、聚类图、Gene 关联图、mRNA共转录 、疾病相关、药物相关等多种图形显示。

点击展示探针对应基因在染色体上的位置视图。

3.4 文献挖掘

文献挖掘分析主要针对客户提供的一个或一组关键词，利用相关算法从PubMed数据库中查找到与之相关的所有基因或蛋白、小RNA、SNP、化合物等信息，并对这些数据进行网络及功能分析。

3.5数据管理模块

 此处管理维护用户个人数据,在此目录下用户可以新建自己的文件夹目录，上传下载个人数据。

3.6数据筛选模块

数据筛选模块是用来对分析结果数据进行值限定来进一步缩小数据范围，便于锁定关注目标，提高后面分子注释效率。

四、产品特色

业务功能：

1. 分子网络注释系统：支持对基因、探针、蛋白、序列、疾病、药物等多种分子数据进行批量注释。

2. 注释数据库的集成：通过我们的数据库，可以轻松对分子进行Go功能、Pathway、蛋白互作等多方位的注释。

3. 数据库更新：我们公司提供数据库的定时更新服务。

4. 协同办公平台：站内邮件、消息提醒、消息追踪、站内BBS、硬盘文件web化共享管理。

特色技术：

1. 网络化集成化管理：基于浏览器如IE访问，不需安装客户端；所有实验室业务集成在同一平台下管理。

2. 随需应变能力：领先的软件体系架构，软件平台的柔性扩展能力，支持功能扩展和结构化定制，针对特殊要求进行个性化定制。

3. 全方位信息监控：系统设计满足FDA 21CFR Part11对电子签名和痕迹稽查的要求，包括数据录入逻辑监控、数据痕迹监控、自动数值监控、系统整体监控等，确保数据操作自动化、可监控,根据设定条件能自动Email提醒。

4. 全过程安全控制：具有完备的数据安全与系统备份机制，灵活的用户、单位、角色设定，灵活强大的多角色权限分配机制，确保数据在输入、传输、存贮过程中的完整性、保密性。

 

zliaoyuan

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