有没有理性的诱变筛选方法？

chywish

我们现在用的大多都是理化诱变方法

而我感觉这种都是很盲目的

并且在诱变后筛选过程中很容易出现漏筛问题

到底该怎么解决这些问题才好呢？

有没有一种比较理性的方法？

希望各位谈谈感受！

细履平沙

目前随机筛选的方法已经不适用了.多数情况下是设计一些模型.文献上已经有很多模型报导,如筛选营养缺陷型,解除产物抵制.也有筛选一些利用特殊底物的菌株等.楼主可以找找文献看看.本论坛中也有一些文献发布.你翻翻找找吧!

topmit

菌种筛选工作的经验表明，菌株的高产性能与其生物学特性有一定关系。菌落形态是重要的生物学特性之一。在微生物显微图象中，可以看到诸如：透明与暗淡、粗糙与细腻、致密与稀疏、凹陷与隆起、丰满与萎缩等表观的或隐含的形态特征。就菌落而言，形态特征包括：(1)大小(2)形状(3)隆起状态(4)表面状态(光滑、皱褶、粗糙等)(5)边缘情况(6)表面光泽、透明程度、颜色等方面.
形态研究方法有两种：(1 J直观观测，包括肉眼观察与显微镜观测。(2)计算机识别。用计算机视觉替代人的视觉．量化菌落形态特征，并与其性能相关联，有可能成为缩短分离筛选周期、提高效率与精度的有效途径之一。

也就是说，利用计算机图像处理技术和人工经验相结合，可以高效地得到筛选菌株。
仅仅是提供一点参考，其他具体内容还要具体分析。

topmit

附上一篇文献，希望能给楼主提供更多线索。
【题　名】计算机图象识别辅助菌种筛选及对甾体激素微生物酶反应的研究
【作　者】王积分 阳葵
【刊　名】高等学校化学学报.1994,15(5)：750-753
【关键词】计算机 微生物酶反应 菌种筛选
【文　摘】将分形理论和计算机图象纹理分析技术移植到微生物发酵研究中，对菌落和菌丝本形态的定量描述了探讨，并利用菌种的分维特征作为筛选高产菌株的直观指标，有效地提高了菌种筛选工作的效率与准确度，探讨了沃氏底物霉菌转化的工艺过程，并以生物全息观念与分形理论为依托，在分形尺度上对生物体形态及其发育过程进行了描述，建立起菌体生长的形态动力学模型，并与生长（浓度）动力学模型相结合，设计出可判别理论最佳投料点的酶活描述模型。

mission

问一下:

如果让你决策: 选理性(rational)还是随机(random)筛选呢? 公司budget不能两者同时进行!

一次代谢还是＝次代谢产物?

理性筛选能进行多久?

每年能提高多少? ( 1g /l/year?), 每年耗资多少?

mission

理性筛选早期育种还是管用, 不知后期怎样?

形态学筛选, 比较复杂, 大规模选育, 不知怎样?

所谓现代理性筛选方法, 大家都在做研究, 比如说, 结合Whole genome sequencing, DNA microarray, proteomics, metabomics 分析, 找出关键, 然后用genetic engineering方法, 去提高产量. 一个成功的例子是lysin 生产菌, 几个gene mutations能将产量提高好几倍(>100 g/l).

明天传上文献.

细履平沙

说到最根本上还是要结合代谢工程进行理性的指导.不过目前在国内,从事这些活动的还是一些资深的大学和科研单位.对于企业而言都在观望.舍不得包包里的钞票.

mission

Lysin rational strain improvement

细履平沙

这是一个很好的话题!
多数发酵企业都有菌种选育的工作,而且从事这方面工作的都有很好的工作经验,能够鉴别高产菌株，因此这些有经验的人的眼力就成了初筛的第一步了，菌落的形态，颜色，孢子的多少，色素形成等．然后再去做进一步的工作．
我们实验室就有一位经验丰富的大姐，她的确很厉害，我们在自然分离时，总会找她选取！

mission

对于菌种改良, 在早期阶段, 经验丰富者, 往往lucky. 但是到了后期, 恐怕还得靠Science. 几句老话:
(1) 你的QC到底怎样
(2) 筛选过程(screening)的confidence是多少?
(3) 每年能筛选多少? 有high throughput screening 方法吗?
(5) 每年产量提高多少?
(6) 最适合于你的mutagen是什么? 有QC知道它工作吗?
(7) 有多少primary screening hit 能上发酵?
(8) 对目的产物代謝了解多少?