代谢工程与发酵技术的结合

minger

但是很多时候，代谢流分析只起到了解释的作用，而没有起到前瞻性的作用，也就是代谢流分析没有发挥出作用，不像代谢工程育种：起到积极的指导作用。
这个确实很重要

此外lz提到的数据挖掘能够具体说说吗。愿洗耳恭听

lyjhuanlan

看了楼主的帖子，想问楼主在试验中你是怎么进行尝试的，能给明确的说说吗？
对啊，代谢通量分析只起到了解释的作用，而没有起到前瞻性的作用，也就是代谢流分析没有发挥出作用，不像代谢工程育种：起到积极的指导作用。
我有点不一样的想法，我试验也是做这部分的，确实代谢流分析的只是碳流量分布，并且只是测定胞外代谢物，利用这些发酵数据及化学计量法，通过拟稳态假设，进行估算碳流量分布，从这方面来看，代谢流分析也有不足之处。
我想再结合胞内代谢物及酶学分析是不是能更好的说明问题呢。我试验打算做完代谢流分析，再用液质联或者核磁测定代谢途径中的关键代谢中间产物，以及测定关键酶活变化，通过分析代谢图谱及酶活变化来更深入的了解菌体的代谢机理是不是更好点？我也是我后期实验一个基本的思路，还望论坛里的朋友们 多交流发言，给点建议，谢谢；

细履平沙

如果在发酵过程中调控一些关键因素，然后通过代谢流计算进行解释，这样可以促进对发酵过程的理解。至于说到在发酵过程的前瞻性的作用目前的确难发现。如果在发酵过程中一直可以计算动态的代谢流变化，然后与发酵过程结合分析找到规律，那么以后就会有指导作用，比如当一批有点异常时，及时增加一些调控手段就可以减少异常的出现。目前很少有企业这样做。这需要长期的积累的总结，需要花费大量的精力和较高层次的研究人员。如果这样做了，肯定会使发酵水平有很大的提高。

estander

引用第12楼细履平沙于2010-07-06 11:49发表的  :
如果在发酵过程中调控一些关键因素，然后通过代谢流计算进行解释，这样可以促进对发酵过程的理解。至于说到在发酵过程的前瞻性的作用目前的确难发现。如果在发酵过程中一直可以计算动态的代谢流变化，然后与发酵过程结合分析找到规律，那么以后就会有指导作用，比如当一批有点异常时，及时增加一些调控手段就可以减少异常的出现。目前很少有企业这样做。这需要长期的积累的总结，需要花费大量的精力和较高层次的研究人员。如果这样做了，肯定会使发酵水平有很大的提高。

代谢流的计算 其实就是守恒关系的一种体现 或者是其他一些我们假定的关系的限制 有时我们没必要一定要做代谢流的总体分布图 只要测一下我们代谢的主要终产物的含量 也能达到分析以及知道调控的目的 至于代谢流的优化 目标优化所谓的预测能力 我始终不清楚 怎么能做到这一点
到现在连说 代谢流绝非什么搞什么的东西 而是成为一个基本的分析工具了 我们要想多代谢进行跟好的调控 就是深入地探讨机理 这才是代谢工程的实质方向 也是进行高效生产的日益值得注重的方向

lyjhuanlan

那我有想问，用代谢流做代谢调控是可行的吗？比如我在发酵培养基中添加增效因子，使产量得到提升，我知道看是让产量提升的原理，就是说我想通过代谢流分析增效因子的调控，来研究增效因子对发酵的影响，这可行不可行？
还有一个问题想问朋友们，我做这个代谢流分析的时候 对培养基是不是有要求，听说氮源要用无机氮，为什么用酵母膏，蛋白胨等有机氮就不行呢？再说我原来的培养基用的就是这些有机氮，我做代谢流的话，更换成无机氮，那这样的代谢流分析能说明我的原来用有机氮的发酵的菌体及产量变化吗？

细履平沙

诚然，代谢流计算是以质量守恒为基础的，当计算代谢流时，一定要输入确定正确的速率，因此当使用复杂成分的时候，这些速率是无法正确计算和测量的，所以代谢流计算试验需要用已知成分的培养基。加入增效剂之后，可以通过比较代谢流进行深入的分析和解释。我一个博士朋友正在通过生物芯片与代谢流结合进行分析，相信这样解释的更深入。

jolly.time

代谢流的分析和计算对于实际生产的指导意义到底在什么程度，本人不才看了一些关于代谢流的资料和书，觉得研究这些相当复杂，而通常培养基和条件的优化只需要进行一些简单的单因素试验或者正交试验确定即可，本人觉得代谢流分析还是很有用高的一门学问，但是就是太复杂了，还要跟各位老师前辈多学习，关于代谢流的资料和书籍能否介绍一二？万分感谢~！

estander

引用第15楼细履平沙于2010-07-07 08:27发表的  :
诚然，代谢流计算是以质量守恒为基础的，当计算代谢流时，一定要输入确定正确的速率，因此当使用复杂成分的时候，这些速率是无法正确计算和测量的，所以代谢流计算试验需要用已知成分的培养基。加入增效剂之后，可以通过比较代谢流进行深入的分析和解释。我一个博士朋友正在通过生物芯片与代谢流结合进行分析，相信这样解释的更深入。

引用第16楼jolly.time于2010-07-07 09:04发表的  :
代谢流的分析和计算对于实际生产的指导意义到底在什么程度，本人不才看了一些关于代谢流的资料和书，觉得研究这些相当复杂，而通常培养基和条件的优化只需要进行一些简单的单因素试验或者正交试验确定即可，本人觉得代谢流分析还是很有用高的一门学问，但是就是太复杂了，还要跟各位老师前辈多学习，关于代谢流的资料和书籍能否介绍一二？万分感谢~！

如果为了做代谢流 而是扰乱了生产 我觉得但从生产角度来讲没必要做代谢流 而机理分析 如果不是大型网络 对于二三十个反应来讲 不用代谢流也可以  代谢流分析是调控手段的一种响应 只是便于观测 而调控手段的实施 则是不能单从代谢流入手的要从 动力学 热力学 酶学性质 调控机理 等方面着手

细履平沙

代谢流分析不会扰乱生产，一方面代谢流分析在前期主要是在试验罐上进行，只能成熟后，才有可能应用到生产。另外有时生产上不一定会直接应用代谢流计算，而是使用前期研究的成果和经验总结。代谢流分析可能会与我们以前的结论出现矛盾，这些是技术人员需要认真对待的，一旦出现矛盾相信哪个，如果无法判断时如何设计试验进行分析，最终确定正确的结论。相信随着代谢工程的发展，发酵会由艺术走向科学。

zliaoyuan

学习。。。。